水利工程系实验室设有建材实验室（力学）、建材实验室（水泥）、建材实验室（骨料）、沥青混合料实验室、数字流域与水利枢纽动态仿真实训平台、水利水电工程管理实训中心、智慧节水灌溉工程实训中心、水利工程数字全息仿真实训中心、水利水电工程虚拟仿真实训中心、河湖地表水生态监测实训中心、水力学实训室、沥青实训室、水力水文实训中心、工程地质实训室、水工模型室、道桥模型室、无损检测实训中心、水利工程造价实训中心、水利工程设计实训中心、公路工程施工仿真实训中心等24间实验室，总面积3235.43m²。实验室现有专职管理人员4人，兼职管理人员4人，其中具有硕士学位7人。水利工程系实验室现有仪器设备1000余台（套），设备总值达1700余万元，超过10万元的单台设备有30台（套），能基本满足实验室相关教学、科研的需要。